Điều 5. Tổ chức bộ máy của Trung tâm, gồm:
1. Lãnh đạo Trung tâm:
- Giám đốc
- Có từ 02 đến 03 Phó giám đốc
2. Các phòng, đơn vị trực thuộc Trung tâm, gồm:
+ Văn phòng trung tâm
+ Phòng Đào tạo kỹ năng và Câu lạc bộ thanh niên
+ Phòng Truyền thông và quản lý dự án
+ Phòng phương pháp và xây dựng mô hình
+ Trung tâm Tư vấn và cung cấp dịch vụ chăm sóc sức khoẻ sinh sản vị thành niên, thanh niên (gọi tắt là Trung tâm chăm sóc sức khoẻ sinh sản vị thành niên, thanh niên - Ngôi Nhà tuổi trẻ).
+ Nhà khách Hoa sen.